Якщо за результатами перевірок не підтверджено право на отримання платником податку бюджетного відшкодування, то контролюючим органом складається податкове повідомлення-рішення за формою В3.
Узгоджена сума збільшення/зменшення від’ємного значення за результатами перевірки контролюючого органу відображається у р. 16.3 розділу II «Податковий кредит» податкової декларації з ПДВ. Тобто сума ПДВ, у якій відмовлено при наданні бюджетного відшкодування ПДВ, може бути врахована у збільшення значення рядків «Збільшено/зменшено залишок від’ємного значення за результатами перевірки контролюючого органу» податкової декларації за звітний період, на який припадає день узгодження податкового повідомлення-рішення по формі В3. Така сума може бути врахована платником податків зі знаком «+» у р. 16.3 декларації з обов’язковим заповненням спеціального поля, де зазначаються дата, номер податкового повідомлення-рішення та сума зменшення від’ємного значення за результатами перевірки.
Дана сума враховується при розрахунку суми р. 17 «всього податкового кредиту» податкової декларації за звітний період і відповідно при визначенні від’ємного значення різниці між сумою податкового зобов’язання, а також сумою податкового кредиту поточного звітного (податкового) періоду (р. 17 – р. 9 декларації) (позитивне значення) і бере участь в обліку:
Крім того, сума податку, на яку платник податку має право зареєструвати податкові накладні в ЄРПН, — розрахункова сума, визначена за формулою, збільшується на суму зменшення заявки на відшкодування згідно з повідомленням-рішенням за формою В3. При цьому така сума не зараховується на електронний рахунок в СЕА, оскільки таке зарахування Податковим кодексом не передбачено.
Аналогічне роз’яснення викладено у повідомленні ГУ ДФС у Луганській області.